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孢子型纳豆菌是具有耐酸,耐热特性的有益菌,在胃酸下四小时存活率为100%,同时具有强力的病原菌抑制能力,是各种益菌当中,对环境耐受力最好可以直达小肠的菌种之一,口服后可改变人体肠道菌丛生态,帮助消化道机能正常化,以使排便顺畅,维持体内生理环保.可以产酸,调节肠道菌群,增强动物细胞免疫放应.并能生成多种蛋白酶（特别是碱性蛋白酶）,糖化酶,脂肪酶,淀粉酶,降解植物性饲料种某些复杂的碳水化合物,从而提高饲料的转化率.
利用纳豆菌可以制造纳豆.因纳豆菌是嗜氧菌,接触空气是很重要的.纳豆菌在通过吞噬大豆蛋白来繁殖的时候,产生出的无数酵素纳豆激酶和维生素K,具有神奇的药效,可以治疗三高（高血糖,高血压,高血脂）和溶解血栓的作用,而且还能产生出氨基酸的美味.
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