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巧克力囊肿的治疗原则是:对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查,若症状较重,经药物治疗效果不明显,或卵巢有较大包块的,可以采用保守性手术,如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术,内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术,以保留正常卵巢和生育功能,不过,经保守性手术后仍有可能复发,患者应坚持随访并争取尽早怀孕对40岁以上,年龄较大且无生育要求的妇女,可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管,对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗,使其缩小至完全消失；而对于较大的则以手术治疗为先,以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂,
